一句话PDB-IHM 是由 wwPDB 管理的整合/混合建模结构沉积、校验、归档与公开分发系统。
定价免费/公共科研基础设施 正文未列出收费方案;项目由 NSF、DOE、NIH 资助,IHMCIF 字典通过公共 GitHub 仓库免费分发。
适合谁结构生物学研究者、整合/混合建模软件开发者、宏分子复合物研究团队、需要提交或检索 IHM 结构数据的科研机构
核心功能整合/混合建模结构沉积与归档基于 IHMCIF/PDBx/mmCIF 的数据规范Data Harvesting System 用于生成合规 mmCIF 文件IHM Validation 软件与公开验证报告关键词、布尔、通配符、短语和属性搜索与 PDB archive/wwPDB 统一并提供 PDB accession codes支持 Molstar 与 UCSF ChimeraX 可视化提供 python-ihm 读写 IHMCIF 文件
功能与用途用于整合/混合建模结构模型的沉积、策展、验证、归档和公开分发;收集结构模型、空间约束、起始模型、建模流程、引用、作者、软件和外部数据仓库标识等元数据。
支持语言/框架正文提到 python-ihm 软件库,可读写符合 IHMCIF 字典的数据文件;建模软件 IMP 支持 IHMCIF,HADDOCK 支持在推进中;可视化支持 UCSF ChimeraX 和 Molstar。
开源还是闭源IHMCIF 字典通过公共 GitHub 仓库免费分发;IHM Validation 软件可通过 GitHub 获取。整体网站/系统是否完全开源未说明。
自托管选项正文仅提到 IHM Validation software 可作为 standalone validation server 用于预沉积验证;未说明完整 PDB-IHM 沉积归档系统可自托管。
定价未列商业定价;项目由 NSF、DOE、NIH 资助,字典免费分发。
API/SDK提供 python-ihm 独立软件库用于 IHMCIF 文件读写;正文未提到 REST API 或正式 SDK。
集成与生态与 PDB archive、wwPDB 统一;数据引用/互操作涉及 BMRB、EMDB、EMPIAR、SASBDB、ProteomeXchange、PRIDE、DOI/Zenodo;基于 DERIVA scientific asset management platform;可视化集成 Molstar,支持 ChimeraX。
文档质量正文包含 FAQ、Search Tips、Deposit、Contact,并提到 Data Harvesting System 的 User Guide、python-ihm documentation 和 worked examples;面向科研提交流程的说明较完整。
中国访问未知
适用场景提交整合/混合建模得到的宏分子复合物结构;生成符合 IHMCIF 的 mmCIF 文件;在预沉积阶段验证 IHM 结构;检索公开的 PDB-IHM/PDB 整合结构;下载并通过 ChimeraX 或 Molstar 可视化多尺度结构。
同类wwPDB OneDepModelArchiveBMRBEMDBEMPIARSASBDBProteomeXchangePRIDEZenodo