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pdb-ihm.org 教育课程测评

PDB-IHM是一个由wwPDB管理的整合结构模型归档系统,专门收集、处理和发布通过整合或混合建模获得的大分子组装体三维结构模型。网站提供关键词搜索、布尔搜索、通配符和属性搜索功能,可通过分子名称、实验方法、作者等查询结构数据。已发布模型包

7.0/10 中国可用
TTG4G 编辑组 ·更新于 2026-07-11 ·数据来源: ai_fine 评测方法 ↗
数据来源
ai_fine · 最近更新 2026-07-11
行业深度解析AI 深度分析
一句话PDB-IHM 是由 wwPDB 管理的整合/混合建模结构沉积、校验、归档与公开分发系统。
定价免费/公共科研基础设施 正文未列出收费方案;项目由 NSF、DOE、NIH 资助,IHMCIF 字典通过公共 GitHub 仓库免费分发。
适合谁结构生物学研究者、整合/混合建模软件开发者、宏分子复合物研究团队、需要提交或检索 IHM 结构数据的科研机构
核心功能整合/混合建模结构沉积与归档基于 IHMCIF/PDBx/mmCIF 的数据规范Data Harvesting System 用于生成合规 mmCIF 文件IHM Validation 软件与公开验证报告关键词、布尔、通配符、短语和属性搜索与 PDB archive/wwPDB 统一并提供 PDB accession codes支持 Molstar 与 UCSF ChimeraX 可视化提供 python-ihm 读写 IHMCIF 文件
功能与用途用于整合/混合建模结构模型的沉积、策展、验证、归档和公开分发;收集结构模型、空间约束、起始模型、建模流程、引用、作者、软件和外部数据仓库标识等元数据。
支持语言/框架正文提到 python-ihm 软件库,可读写符合 IHMCIF 字典的数据文件;建模软件 IMP 支持 IHMCIF,HADDOCK 支持在推进中;可视化支持 UCSF ChimeraX 和 Molstar。
开源还是闭源IHMCIF 字典通过公共 GitHub 仓库免费分发;IHM Validation 软件可通过 GitHub 获取。整体网站/系统是否完全开源未说明。
自托管选项正文仅提到 IHM Validation software 可作为 standalone validation server 用于预沉积验证;未说明完整 PDB-IHM 沉积归档系统可自托管。
定价未列商业定价;项目由 NSF、DOE、NIH 资助,字典免费分发。
API/SDK提供 python-ihm 独立软件库用于 IHMCIF 文件读写;正文未提到 REST API 或正式 SDK。
集成与生态与 PDB archive、wwPDB 统一;数据引用/互操作涉及 BMRB、EMDB、EMPIAR、SASBDB、ProteomeXchange、PRIDE、DOI/Zenodo;基于 DERIVA scientific asset management platform;可视化集成 Molstar,支持 ChimeraX。
文档质量正文包含 FAQ、Search Tips、Deposit、Contact,并提到 Data Harvesting System 的 User Guide、python-ihm documentation 和 worked examples;面向科研提交流程的说明较完整。
中国访问未知
适用场景提交整合/混合建模得到的宏分子复合物结构;生成符合 IHMCIF 的 mmCIF 文件;在预沉积阶段验证 IHM 结构;检索公开的 PDB-IHM/PDB 整合结构;下载并通过 ChimeraX 或 Molstar 可视化多尺度结构。
同类wwPDB OneDepModelArchiveBMRBEMDBEMPIARSASBDBProteomeXchangePRIDEZenodo
性价比8
易用6
服务7
综合8
优点
  • 由 wwPDB 管理,科研可信度和长期归档属性强
  • IHMCIF 对多尺度、多状态、集合模型和空间约束有明确数据规范
  • 与 PDB 归档统一后,整合结构可通过 PDB accession codes 访问
  • 提供数据采集、验证报告、独立验证服务器和 GitHub 软件入口
  • 生态衔接 BMRB、EMDB、EMPIAR、SASBDB、ProteomeXchange、PRIDE 等科研数据仓库
不足
  • 适用范围非常垂直,仅面向整合/混合结构模型,不接收传统 X-ray/NMR/EM 实验结构或纯计算模型
  • 文件格式要求严格,明确不接受 PDB 格式沉积
  • 正文未提供通用 API、商业 SLA 或企业级支持信息
  • 部分软件生态仍在建设中,例如 HADDOCK 支持被描述为进行中

中文卖点

科研结构数据归档系统,适合生物信息研究。

官网快照

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pdb-ihm.org

价格走势

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用户评价

综合评分
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常见问题

pdb-ihm.org 是一家美国的教育课程 (科研数据库)服务商. 科研结构数据归档系统,适合生物信息研究.
pdb-ihm.org 在中国大陆基本可用, 但部分时段可能出现延迟, 建议有备用线路. 该商家总部位于美国, 主要面向海外市场.
访问 pdb-ihm.org 官网完成注册即可使用. 注册一般需要邮箱 (推荐 Gmail/Outlook) 和支付方式. 多数海外服务支持信用卡 / PayPal / 加密货币. 完整流程见本页"前往官网"按钮.

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