CRISPR向导RNA设计工具
各维度得分依据公开资料与字段推算,加权后即综合评分,仅供参考。
GuideMaker 是 USDA-ARS Genomics and Bioinformatics Research Unit 开发的 CRISPR-Cas guide RNA 池设计工具，重点面向非模式基因组、非标准 Cas 酶以及需要设计全基因组 gRNA panel 的项目。它可基于退化 PAM、GenBank 文件，或 Fasta + GFF/GTF 文件生成候选 guide RNA，并使用 HNSW 图加速相似 guide 比较；正文称典型细菌基因组和 PAM 序列可在笔记本上约 1-2 分钟完成。
该工具提供命令行、公开 Web Application、CyVerse Discovery Environment，以及本地 Streamlit Web App。安装方式包括 Docker 镜像、Bioconda 和 GitHub 源码安装，依赖 pybedtools、NMSLib、Biopython、Pandas、Streamlit、altair 等。功能上支持 PAM 方向、guide 长度、seed 区唯一性、编辑距离、线程数、随机 controls、限制性内切酶位点过滤、按 GFF/GTF 属性过滤、绘图输出，并可进行 Doench 2016 on-target score 与 CFD off-target score，但相关评分对 NGG PAM 等条件有限制。
GuideMaker 作为美国政府作品发布，许可为 CC0 1.0 Universal Public Domain Dedication，正文未提及商业收费，因此软件层面具有很高性价比。项目还提供 API documentation，模块包括 core、cli、definitions、cfd_score_calculator、doench_predict 等，适合被纳入科研自动化流程。
优点是定位非常明确：许多传统工具偏向模式生物和标准 Cas，而 GuideMaker 覆盖了非模式生物、退化 PAM 与 pooled screen 需求；同时支持本地和容器化运行，利于处理较大数据。缺点是公开 Web 应用运行在小型服务器实例，作者明确建议较大基因组使用 CyVerse 或本地运行；此外工具主要以原核基因组为设计目标，虽可处理较小真核基因组，但不宜泛化到复杂大型真核项目。使用者也需要理解 GFF/GTF、GenBank、Docker/Conda 和 CRISPR 文库构建流程。
它适合微生物基因组、农业与环境微生物、非模式生物 CRISPR 筛选实验室，以及需要批量设计 gRNA 的生物信息学人员。中国访问情况正文没有说明，域名和 GitHub/CyVerse 等依赖服务在国内连通性可能受网络环境影响，建议优先采用 Docker/Bioconda/源码本地化部署；若访问 GitHub 或容器仓库不稳定，可考虑使用国内镜像源或科研网络环境。
本测评基于公开资料整理,不构成购买建议,请以 guidemaker.org 官网实际信息为准。
开源科研工具，适合生物信息与基因编辑研究。
评分明细(分布与用户短评)接入中。当前展示 TG4G 综合评分,数据源自公开测评与用户反馈。