表观基因组数字病理
各维度得分依据公开资料与字段推算,加权后即综合评分,仅供参考。
EpiDiP（Epigenomic Digital Pathology）是瑞士巴塞尔大学医院医学遗传学与病理研究所神经病理部门推出的免费表观基因组数字病理公共分析服务器，专门面向甲基化芯片数据的可视化与肿瘤样本交叉分类比对研究，目前最新更新时间为2025年3月26日，整体由专业学术机构维护。该平台共提供三个镜像站点供用户选择，其中主镜像为epidip.usb.ch配备GPU加速，是官方推荐选项；www.epidip.org为备用镜像无GPU加速，另外保留了旧版450K/EPIC v1分析入口，所有镜像的数据目前仅同步到主镜像站点，不同镜像上传的病例数据暂不同步。
该平台核心功能围绕甲基化芯片数据分析展开：支持主流甲基化平台（Human Methylation 450K、EPIC v1 850K、EPIC v2 950K）的原始IDAT数据集上传；自动生成甲基化组UMAP降维可视化图，GPU环境下约1小时刷新、非GPU环境约3-4小时刷新；用户可点击UMAP中的对应点查看单个病例的拷贝数变异轮廓，还能下载UMAP坐标的XLSX表格文件。平台预整合了泛癌、脑肿瘤（来自GSE90496）、软组织肿瘤（来自GSE140686）三种参考注释集，方便直接做分类比对。
针对纳米孔测序的表观遗传与拷贝数分析，平台提供了名为NanoDiP的工具，因法律限制不开放公共服务器端分析，仅提供VirtualBox格式的虚拟机镜像和源码供用户本地部署。
定价方面，平台所有公开功能完全免费使用，仅附带无保修条款。
优点方面，该平台针对性极强，完全免费开放给学术研究，主镜像GPU配置计算速度快，预整合专业肿瘤参考注释，开箱即可开展甲基化分型分析，还有多个镜像适配不同网络环境，同时灵活处理了纳米孔数据分析的法律限制，开放本地部署选项。缺点则包括：当前镜像间病例数据不同步，上传数据仅存在于上传所用镜像；主镜像存在防火墙配置问题，容易出现断开错误需要重新加载；可视化更新存在明显延迟，EPIC v2数据仅建议分析25K探针，暂不支持全探针分析。
该平台适合肿瘤病理研究人员、表观遗传学方向科研人员、分子诊断实验室的研究使用，尤其适合需要对临床肿瘤甲基化芯片数据做分型比对的研究者。
从现有抓取内容无法确认域名epidip.org在中国的访问连通性，用户可自行尝试访问备用主站https://www.epidip.org，也可尝试官方推荐的主镜像https://epidip.usb.ch。
本测评基于公开资料整理,不构成购买建议,请以 epidip.org 官网实际信息为准。
科研用途服务器，支持GPU镜像站。
评分明细(分布与用户短评)接入中。当前展示 TG4G 综合评分,数据源自公开测评与用户反馈。