CRISPR gRNA设计库
各维度得分依据公开资料与字段推算,加权后即综合评分,仅供参考。
CRISPRDB 是由 University of Illinois at Chicago Xiaowei Wang 实验室创建的在线 CRISPR/Cas9 Knockout gRNA 设计数据库。它面向基因编辑实验中的 gRNA 选择问题，提供人类和小鼠两个物种的预设计 gRNA，并使用名为 ensemble_ridge 的 gRNA 效率预测模型进行评分。该模型基于 stacking ensemble 方法，整合多个高表现 gRNA 设计算法，相关方法发表于 Bioinformatics 2022。
在功能上，CRISPRDB 支持按 GenBank Accession、NCBI Gene ID 或 Gene Symbol 检索目标基因，并返回命中基因对应的预设计 gRNA。搜索需要输入精确 ID 或符号，不支持模糊匹配。除数据库检索外，它还提供 Custom Prediction，用户可提交 31 到 30,000 bases 的单条基因组目标序列，系统会寻找潜在靶点并预测 gRNA 效率。Promoter system 支持 U6 和 T7。评分范围为 50-100，分数越高表示预测效率越好，文档提示大于 80 的 gRNA 更可能有效。
文本未说明 CRISPRDB 是否开源，也未给出代码仓库、许可证、API 或 SDK。对开发者而言，较有价值的是其提供可下载的 stand-alone gRNA design tool，并明确该程序运行在 Linux 系统下，但没有进一步说明是否能完整自托管数据库或作为服务部署。生态方面，它使用 NCBI Gene ID、GenBank Accession 等常见生物信息标识符，便于与现有基因注释流程衔接，但未看到与 Benchling、LIMS、工作流系统或云平台的集成信息。
抓取文本未提及收费、订阅或商业授权，整体更像学术免费工具。文档方面，FAQ 覆盖了 CRISPRDB 的用途、stacking 模型解释、分数解释、搜索与自定义预测步骤、引用方式和联系方式，足以支持基本使用；但对于批量处理、数据版本、离线工具参数、错误处理、接口调用和许可边界说明不足，工程化文档质量一般。
优点是预设计数据库降低了人类和小鼠 gRNA 初筛成本，集成模型有论文和多数据集比较作为背景，自定义预测也提升了灵活性。缺点是物种仅限 human 和 mouse，搜索容错较弱，一次只允许一个序列，自托管和 API 能力不明。它适合高校、科研机构中进行 CRISPR/Cas9 基因敲除实验的研究者，用于候选 gRNA 初筛；不太适合作为企业级自动化设计平台的核心 API。
文本未提供中国大陆访问、镜像、备案或支付信息，因此判断为未知。若访问不稳定，可考虑 CRISPOR、CHOPCHOP、Benchling、Broad Institute GPP sgRNA Designer、Synthego Design Tool 等同类工具作为替代或交叉验证。
本测评基于公开资料整理,不构成购买建议,请以 crisprdb.org 官网实际信息为准。
华盛顿大学资源，适合人鼠基因敲除设计。
评分明细(分布与用户短评)接入中。当前展示 TG4G 综合评分,数据源自公开测评与用户反馈。